有赏就有罚，连坐法也被引入军中。
在秦国军队中，五人为一伍，由伍长统率；五十人为一屯，设有屯长；再上则有统领百人的“百将”、统领五百人的“五百主”等。
一伍中如果有一个人在战场上逃跑，其余四人就要受刑罚；但是如果谁能斩得敌人首级一颗，本人可以免除刑罚。
屯以上的部队都设有斩首指标。以屯为例，如果在一场战斗中得不到一颗敌人首级，屯长和百将都是要被杀头的；如果得到敌人首级三十三颗以上，则算是完成了国家下达的任务，屯长可以升爵一级。军队围攻敌人的城池，斩首级八千颗以上，或在野战中斩首级两千颗以上，整支军队统统有赏，所有军官都升爵一级。
卫鞅还建立了“短兵”制度。
短兵即卫队，每个五百主有短兵五十人，率千人的将领和享受千石俸禄的县令都有短兵一百人，国尉有短兵一千人，大将有短兵四千人。如果将官战死，全体短兵都要受刑罚——当然，如果某位短兵得到敌人首级一颗，本人也是可以免罪的。
相对于孙武、吴起等人而言，卫鞅在军事方面显然稍逊一筹，但是他通过制度设计弥补了这一缺憾。而这些制度的核心内容只有两个字，就是“赏”与“罚”。