秦帝国中央政府各职能部门的设置、官员的职掌以及其与皇帝的隶属关系，基本上是秦统一六国前秦国中央政府的继续。秦始皇在这一问题上的贡献是：
首先，秦帝国中央政府各职能部门的设置，考虑到了国家事务的各个主要方面，各职能部门之间彼此分管的事务界限清楚，每个职能部门长官的职掌明确，从而使中央政府在组织上比从前更加完善，既有继承，又有发展。
从更加有效地行使国家职能的角度来看，秦帝国的中央政府在中国政治制度发展史上乃至对世界其他一些国家政治制度发展史上都是有所贡献的，堪称是一个里程碑。
其次，秦帝国中央政府的组织法对于中国政治制度发展史乃至对于世界其他某些国家君主专制制度发展史的特殊贡献是使中央集权的君主专制制度从此确立，开创了中国封建时代的君主专制制度。
丞相、太尉、御史大夫分管国家的行政、军事和监察大权，并使之相互制约，这就从组织上防止了丞相集行政权与军政权于一身；主管军事的太尉只有统兵权，没有调兵权，有军事行动时又往往是由皇帝临时指派统兵大将，这就使军权牢牢地掌握在皇帝一人手中；御史大夫的监察百官，参与机要，最得皇帝的亲信，对丞相、太尉的权力起制约作用。